O município de Bom Jesus do Tocantins foi criado pela Lei nº 5.454, de 10 de maio de 1988 sancionada pelo então governador Hélio da Mota Gueiros, com área desmembrada do município de São João do Araguaia.
Esta Lei estabeleceu que, enquanto o município de Bom Jesus do Tocantins não possuísse legislação própria, seria regido pelas leis e atos reguladores do município de São João do Araguaia, e integraria a Comarca Judiciária de Marabá. A instalação do Município aconteceu no dia 1º de janeiro de 1989, com a posse do prefeito Lúcio Antunes da Silva, vice-prefeito e vereadores eleitos.
A história de Bom Jesus do Tocantins está relacionada com a do Município que lhe deu origem, São João do Araguaia. Por volta de 1960, devido à inexistência da rodovia estadual PA-70 (atual BR-222) e, também, quando a oferta de terras devolutas era muito restrita, poucas pessoas tinham acesso àquela região.
Segundo a memória social local, foi o maranhense Adão Alvino de Souza em 1962, quem primeiro se estabeleceu em terras do já formado município de São João do Araguaia, onde iniciou uma roça. Com o tempo, em 1966, outros maranhenses foram-se instalando no local. Por volta de 1968 ali habitavam cerca de 60 moradores.
Foi então que construíram uma escola e, em 1969, foi fundado o povoado com o nome de Bom Jesus do Tocantins. A emancipação político-administrativa e econômica foi inevitável em função do difícil acesso ao município-mãe, longe cerca de 150 Km que impedia o povoado de receber apoio regular e necessário ao seu desenvolvimento.
Assim foi feito o plebiscito, a votação foi praticamente 100 % favorável para transformação em município. Em 1991, pela Lei nº 5.708, de 27 de dezembro de 1991, o município de Bom Jesus do Tocantins, teve parte de suas terras desmembradas para a criação do município de Abel Figueiredo, anteriormente o seu principal Distrito.
A denominação Bom Jesus surgiu a partir das idéias de moradores mais antigos que consideravam ser este um nome significativo, pois é o nome do filho de Deus. O Município possui, somente, o distrito-sede: Bom Jesus do Tocantins.
Hino do Município de Bom Jesus do Tocantins – PA
Salve ó terra de paz e progresso
Verdes matas e belezas sem fim.
Me orgulho em falar do teu nome
O querido Bom Jesus do Tocantins.Valorizamos tradições e culturas.
Vasto chão de riqueza rural,
Valores índios, negros e brancos,
Sentinelas da Amazônia Legal.Homenagem a seus fundadores
Homens bravos chegaram aqui
Desbravaram com brio e coragem,
Este solo de sonho por vir.A lavoura e a pecuária refletem,
O retrato de teu nascimento
Resplandece além do horizonte
Toda força do teu crescimento.A esperança que sempre existe
No coração dos teus nobres filhos,
A coragem é o exemplo maior.
Povo humilde de trabalhos e brilho.És formoso para sempre em teu berço,
Qual estrela no céu a brilhar,
Teus encantos destacam além
Linda imagem do nosso Pará.
Letra por Agripino Rodrigues Barros & Cleir Celso Santos Pinheiro
Melodia por Maria do Socorro Correia Araújo